命运冠位指定一共九章。据《命运-冠位指定》官网查询,该游戏第一部加上序章和终章,共有九章,每章约16-21节,每章节节数同等。
游戏开始于位于人烟绝迹标高6000公尺雪山之中的迦勒底,时间为2015年(国服为2016年),主角以某计划所募集的48位御主最后一人的身份,来到了这里。48位御主之中,38位来自魔术名门、具有才能的普通人则是10位。主角(玩家)则是普通人。
主角进入研究所时接受了模拟战测试,在结束后因为大脑尚未适应而陷入了昏睡,结果被可说是本作女主角的“玛修”与不明生物“芙芙”所发现,在会见所长“奥尔加玛丽·亚斯密雷特·阿尼姆斯菲亚”后,在主角因为受训还不足而即将被人称魔鬼的所长命令退出时,研究所要员“雷夫”替主角辩护,让他留了下来,其后并且来到医疗区与“罗曼医生”会面,没想到就在此时所内发生了大爆炸。危急状况下系统开始运转,将传送座标设为2004年1月30日的冬木市。在传送发动前主角拼命地寻找生还者,好不容易发现了重伤的玛修,然后两人被传送到了过去,章节开始。